En 2002 se crea un nuevo equipo, esta vez interdisciplinar, para trabajar en el Calvero de la Higuera. Dicho equipo está dirigido desde el  2006 hasta la actualidad por Juan Luis Arsuaga (UCM-Carlos III), Enrique Baquedano (MAR) y Alfredo Pérez-González (CENIEH).

Resultado de aquellas primeras intervenciones en la Cueva del Camino, es el descubrimiento de este enclave de gran interés paleontológico de unos 80.000 años de antigüedad. Además, entonces se descubrieron los dos primeros molares de Homo neanderthalensis. Fruto de los trabajos desarrollados por el equipo actual de investigación, es la constatación de que este yacimiento se trata de un cubil de hienas y no de un asentamiento humano.

El Abrigo de Navalmaíllo, por su parte, fue descubierto en 2002. A diferencia de la Cueva del Camino, éste se trata de un campamento de neandertales. Fechado en unos 70.000 años, conserva los restos de las actividades que grupos de homínidos realizaron aprovechando el abrigo de la roca. Aquí se conserva un interesante conjunto de industria lítica musteriense, principalmente realizada en cuarzo, que es el material más abundante en los alrededores, así como una rica asociación faunística producto del consumo de esos homínidos. Hay que destacar la preeminencia de especies de herbívoros sobre los carnívoros que están aquí representados anecdóticamente.

La Cueva de la Buena Pinta, descubierta en 2003, al igual que ocurre con la Cueva del Camino fue usada como cubil de hienas durante el Pleistoceno. Estas introdujeron los restos faunísticos que muestran las marcas típicas de la actividad de carnívoros, así como abundantes coprolitos (heces fosilizadas) y restos de hienas inmaduras. Hay que destacar que durante la campaña de 2007 fueron localizados en el nivel 3 de la cueva dos molares de la especie Homo neanderthalensis pertenecientes al mismo individuo.

En el Abrigo del Ocelado, un pequeño resalte rocoso situado a escasos metros al Sur de la Cueva de la Buena Pinta, aparecido durante la campaña de 2006 escasos restos faunísticos, entre los cuales, destacan, una vez más, los de hiena, que permiten pensar en un pequeño cubil.

Por último, y en 2009, ha sido descubierto otro complejo de galerías que se ha denominado Cueva Des-Cubierta. Al igual que en los tres anteriores, se trata de antiguas galerías rellenas por sedimentos fosilíferos. Aún está pendiente de datación.